葉綠素儀和葉綠素?zé)晒鈨x無(wú)論在研究目的、測(cè)量方法、使用方法和使用對(duì)象上有很大的區(qū)別。
就研究目的而言，當(dāng)人們選擇熒光儀時(shí)多是以研究光合作用的機(jī)理問(wèn)題如，電子傳遞的過(guò)程和效率，光合反應(yīng)中心II（PSII）和反應(yīng)中心I（PSI）的功能，環(huán)境變化（干旱，鹽堿，金屬污染）對(duì)電子傳遞的影響等為目的。而葉綠素儀則主要用于判斷植物生長(zhǎng)過(guò)程中的營(yíng)養(yǎng)狀況（特別是氮素水平），為作物施肥提供生產(chǎn)上的參考。概括講，葉綠素?zé)晒鈨x用于理論研究，而葉綠素儀用于應(yīng)用研究。
在測(cè)量方法上，熒光儀是利用葉綠素*的熒光現(xiàn)象，采用*靈敏度和反應(yīng)速度的傳感器，輔以光電脈沖設(shè)計(jì)來(lái)捕獲電子傳遞過(guò)程中的各時(shí)段上的熒光數(shù)據(jù)。熒光測(cè)量是一個(gè)過(guò)程測(cè)量。而葉綠素儀是利用葉綠素對(duì)紅光的特殊吸收特性，利用光電傳感器對(duì)紅光吸收量多少的測(cè)定。葉綠素儀的測(cè)量是在某一時(shí)，某一點(diǎn)上的瞬時(shí)測(cè)量。
從使用方法上講，熒光儀的使用需要對(duì)葉片進(jìn)行較長(zhǎng)時(shí)間的暗處理，而葉綠素儀則需要化時(shí)間去做不同樣品的訂正曲線。
